某场暴风雨的第二天早上，在一个人生活的孤独的利兹身边，出现了一个蓝色头发的少女。为了靠在利兹身边，治愈她的孤独，青鸟变成了人类，两人简单快乐的共同生活拉开了帷幕。

所谓鸟变身为人类，换句话说就是失去翅膀，而拥有更坚固的腿。此事何谓？为了压住被风煽动的床单，蓝头发的少女轻飘飘地跳跃的场景令人印象深刻，紧接着，利兹的手帕被风吹得高空飞舞，想要取回的少女努力跳了好几次。但是，失去翅膀，只靠脚支撑着自己的现在的样子，她不能在天空中飞翔。少女想要跳起来的努力被重力所阻挡，她被拉回了地上。最终，发现少女是青鸟的利兹，下定决心让她在天空中自由飞翔，而不是在地面上过着穷困的生活。

这是该电影的连环画部分，童话中的少女如果能找回翅膀就能在空中飞翔，但对于人来说是无法实现的。于是，在电影的现实部分中，两位女主人公互为利兹和青鸟的故事在“鸟笼”中展开。

导演山田尚子将学校这个封闭的空间喻为“鸟笼”，所有的故事都在这个“鸟笼”中开始。在学校里还有理科室的一方河豚水槽，作为被切断与外界交涉的封闭环境的水槽和学校共有的最大特征，就是名为“安全”的气氛。这里的河豚，只要从水槽里取出来，连呼吸都无法呼吸，立刻就死了。即使放流到海里，那里也是外敌徘徊的危险场所，死亡的风险是水槽所无法比拟的。定期进行水的更换，并且能喂食的水槽这个环境，从生存的观点来看，对河豚来说是极其安全的，简直就是天堂一样的地方。同样，对于霙而言，学校及其内部展开的人际关系正如“鸟笼”的字面意思那样，很有可能将她的音乐才能“养死”。

童话与现实相互交映。如同暴风雨后孤独一人的利兹身边出现了青鸟一样，霙的身边出现了伞木希美。希美为人开朗，与安静孤独的霙截然相反，却愿意进入霙的世界，成为霙的朋友。二人共同度过了一段快乐的生活，肩并肩上下学，一起参加社团活动，在吹奏部的自由竞赛区《利兹与青鸟》中分别担任长笛和单簧管的独奏，一切跟童话里一般美好。但是青鸟和利兹终究不是一个世界的生物，青鸟拥有广阔的天空，拥有能够飞翔的翅膀。就像是霙的双簧管天赋是无人能及，但为了在希美身边只能限制自己的双簧管才能，恰似青鸟隐去双翼。

霙想要维持舒适的日常生活，也就是和最喜欢的伞木希美一起度过天堂般的每一天。在《利兹与青鸟》中，是以霙的双簧管和希美的长笛为主的，但考虑到与希美的关系，霙无法展现远超过希美实力的演奏。保持和希美同等程度的音乐才能，是两人关系的前提。童话里，利兹发现了青鸟的真实身份，而青鸟也意识到利兹无法飞翔。

作为声乐顾问的老师听出了霙在演奏上的压抑，她找到了在理科室独自发呆的霙，并知道了霙一直在演奏中把自己代入“利兹”的角色，她对霙回应道：“如果你把你自己代入青鸟的角色而不是利兹，演奏是不是就不一样了？”霙尝试着把自己代入青鸟的角色，如果希美是利兹，她对自己发出：“飞翔吧，离开我去更广阔的天空”这样的命令，她一定也会义无反顾地飞翔。青鸟最终听从了利兹的话，长开羽翼拥抱了更广阔的蓝天。

电影临近尾声。在某天的练习中，霙终于“解放”了自己的能力，展示了压倒性的演奏的霙，就这样结束了一直以来和希美的关系。为了重新连接破坏的关系，霙和希美在理科室的河豚水槽前进行了“最喜欢的拥抱”，背对着两人向水槽深处游去的河豚的镜头连接着飞去的鸟的剪影穿过走廊的镜头。鸟的剪影不断穿过影子投射在走廊上的窗框，和不管看起来多么悠闲地游动着，终究只能在有限的四面体中生存的河豚不同，鸟冲破了这个被描绘出来的框架。霙不愿再做被压抑自由的河豚，变成在天空中飞翔的鸟的这个瞬间，在镜头里被清晰地描绘着。

“自由”是这部电影讨论的主题，穿插在其中的是高中少女纯白洁净的情感。在电影的最后我们可以得知，“友情”并不是捆绑，“爱”也不是枷锁，真正的爱是给予对方飞翔的自由，真正的友情也不会因为“放飞”而消散。珍视身边的每一个人，但别把自己自私的情感让对方承担，这或许就是友情最打动人的地方。

在故事的最后，霙和希美互为对方的青鸟，飞翔鸟笼之外。